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脂酰CoA进入线粒体，因为脂肪酸的氧化在线粒体中进行。

这一步需要转运。肉碱脂酰转移酶是脂酸氧化的限速酶，脂酰进入线粒体是脂酸氧化的主要限速步骤，如饥饿时，糖供不足，此酶活性增强，脂肪酸氧化增强，机体靠脂肪酸来供能。

脂肪酸的氧化，丁酰CoA经最后一次氧化：生成2分子乙酰故每次氧化1分子脂酰分子乙酰，通过呼吸链氧化前者生成2分子ATP，后者生成3分子。

脂肪酸氧化的能量生成脂肪酸与葡萄糖不同，其能量生成多少与其所含碳原子数有关。